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Sequencher 5—DNA序列分析軟件

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軟件簡(jiǎn)介

Sequencher 是 DNA 序列分析的工業(yè)標(biāo)準(zhǔn)軟件。它可以和所有的自動(dòng)序列分析儀一同工作，并且因?yàn)樗臉O速 Contig 組裝、很短的學(xué)習(xí)曲線、用戶友好的編輯工具，以及卓越的技術(shù)支持聞名。


Sequencher軟件功能

Sequencher 從差不多 15 年前釋出第一個(gè)版本到現(xiàn)在，Sequencher 在每個(gè)基因?qū)I(yè)和制藥公司中都應(yīng)用與于序列分析任務(wù)，同時(shí)在全球超過(guò)40個(gè)國(guó)家里為數(shù)眾多的學(xué)術(shù)和政府實(shí)驗(yàn)室中使用。Sequencher 被生命科學(xué)研究者們使用于許多不同的 DNA 序列分析應(yīng)用方面，包括基因重組、突變檢測(cè)、法醫(yī)的人體辨別，以及分類學(xué)等等...
Sequencher 的能力包括雜合子和 SNP 的檢測(cè)和分析，cDNA 到 染色體 DNA 的大型間隙對(duì)準(zhǔn)，比較排序，對(duì)置信評(píng)分的支持、ORF 轉(zhuǎn)換、基因銀行特性化導(dǎo)入、以及限制酶映射等等。


軟件特性

SNP 檢測(cè) (SNP Detection)
Sequencher 有幾個(gè)強(qiáng)大的工具可幫助您檢測(cè) DNA 序列中的突變和 SNP。您可以使用 Sequencher 在一組序列之間進(jìn)行比較序列比對(duì)，或者將一個(gè)或多個(gè)序列與參考序列進(jìn)行比較。Sequencher 的Call Secondary Peaks...功能分析所有序列中的潛在雜合子。很容易控制定義雜合子的嚴(yán)格性。

繪制 DNA 組裝概覽中所有雜合子的位置。

您可以從一個(gè)雜合子導(dǎo)航到下一個(gè)雜合子；只需單擊 Bases 視圖中的空格鍵。查看共有序列和共有序列下方的參考序列的蛋白質(zhì)翻譯。參考序列可確保您的 SNP 編號(hào)從一個(gè) DNA 組裝到下一個(gè)組裝是一致的。


序列裝配 (Sequence Assembly)
Sequencher 的裝配算法可以將你的 DNA 片斷快速而又準(zhǔn)確的裝配起來(lái)。自覺(jué)的工具允許你在數(shù)秒內(nèi)就可以設(shè)置好參數(shù)并且調(diào)整它們。
你完全可以不顧方向的裝配序列。Sequencher 會(huì)比較前端和反轉(zhuǎn)補(bǔ)體方向來(lái)裝配最可能的 Contig。

將 Sequencher 的多功能裝配工具應(yīng)用到：
■確定矢量構(gòu)造
■裝配病毒和細(xì)菌基因組
■從 cDNA 庫(kù)中聚類數(shù)以萬(wàn)計(jì)的序列
■將基因變體和一個(gè)參考序列做對(duì)比
■創(chuàng)建一個(gè)引物地圖
■將 cDNA 裝配成基因組序列
以及其他許多項(xiàng)目...



序列編輯 (Sequence Editing)
Sequencher 為您提供 DNA 序列編輯工具，您需要知道序列是絕對(duì)正確的。您可以一次查看一個(gè)序列的色譜圖數(shù)據(jù)，或以正向和反向查看多個(gè)對(duì)齊的色譜圖。


滾動(dòng)瀏覽對(duì)齊的數(shù)據(jù)既快速又容易，或者您可以使用 Sequencher 的選擇工具突出顯示差異或低質(zhì)量的區(qū)域。

自動(dòng)分析 (Automated Analysis)
Sequencher 可對(duì)你的數(shù)據(jù)進(jìn)行批處理，這個(gè)過(guò)程是透明、用戶可定義、可恢復(fù)的，并且 Sequencher 從不為了自動(dòng)化的目的而破壞你科學(xué)結(jié)論的正確性。
當(dāng)你工作在多個(gè)序列時(shí)，Sequencher 可以：
■調(diào)用第二峰
■調(diào)整矢量
■調(diào)整低質(zhì)量的尾端
■創(chuàng)建一致序列
■恢復(fù)到實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)
Sequencher 總是管理兩份數(shù)據(jù)，一份編輯過(guò)的，一份則是原始的導(dǎo)入數(shù)據(jù)。當(dāng)你應(yīng)用“Revert to Experimental Data”命令到在你項(xiàng)目中已選定的序列或者在一序列中的選中部分時(shí)，你可以撤銷所有或者部分編輯動(dòng)作。
自從 4.5 以后，Sequencher 就包含了一個(gè)新的自動(dòng)化工具，“Assemble by Name”。依靠“Assemble by Name”，你可以選擇片段名的一部分作為一個(gè)共享的標(biāo)識(shí)符，或者說(shuō)是“裝配句柄”。Sequencher 就可以將選擇和名字自動(dòng)轉(zhuǎn)換為 Contig。例如，僅僅通過(guò)一個(gè)按鈕的點(diǎn)擊，你就可以將 90 個(gè)文件，45對(duì)前端和反向序列轉(zhuǎn)換成 45 個(gè)根據(jù)你的病人編號(hào)命名的 Contig。裝配參數(shù)的每個(gè)變化都會(huì)重組你的片段，因此你可以根據(jù)克隆編號(hào)、日期、引物，或者其他任何你記錄在序列名稱中的特征，來(lái)裝配 Contig。

如果你做了許多排序，你會(huì)感激“Assemble by Name”，尤其是在你有許多個(gè)帶有一個(gè)標(biāo)準(zhǔn)引物集的樣本序列時(shí)。事實(shí)上，任何在序列名中具有可用信息人的人，都有可能使用“Assemble by Name”。一些應(yīng)用包括：
■用于身份鑒定和人口研究的 MHC 和線粒體基因排序。
■候選基因的 PCR 產(chǎn)品的分析。
■對(duì)保存的跨系統(tǒng)分類物種基因的排序。
■通過(guò)跟蹤病毒對(duì)抗病毒劑或疫苗的抗藥性，對(duì)病毒序列進(jìn)行監(jiān)控。

即使在項(xiàng)目中只有一個(gè) Contig，“Assemble by Name”仍然是有用的，因?yàn)樗_保 Contig 的名稱可以精確的表述樣本的名稱。如果你有命名為“Bob”的樣本，那么正確命名你的 Contig 并不是什么難事，但但你有象“Bob-2309888762-4321”這樣更復(fù)雜的名字時(shí)，允許 Sequencher 命名你的 Contig 是非常有用的。

矢量微調(diào) (Sequence Trimming)
自動(dòng)化 DNA 測(cè)序儀偶爾會(huì)產(chǎn)生質(zhì)量較差的讀數(shù)，特別是在測(cè)序引物位點(diǎn)附近，以及在較長(zhǎng)序列運(yùn)行結(jié)束時(shí)。DNA 文庫(kù)中的克隆序列通常包含載體序列、polyA 尾或其他不相關(guān)的序列。內(nèi)含子和引物序列經(jīng)常位于擴(kuò)增外顯子序列的兩側(cè)。除非通過(guò)修剪去除，否則任何這些偽影都會(huì)扭曲您的序列組裝和下游序列分析。
Sequencher 提供了簡(jiǎn)單易用但功能強(qiáng)大的工具，可幫助您修剪質(zhì)量差或模棱兩可的數(shù)據(jù)：
Trim Ends從測(cè)序片段的末端去除誤導(dǎo)性數(shù)據(jù)。
Trim Vector去除污染序列末端的序列特定數(shù)據(jù)。
修剪到參考消除了超出組裝參考序列的序列末端。

在執(zhí)行修剪之前，Sequencher 會(huì)顯示建議修剪的圖形表示，這使您可以進(jìn)一步細(xì)化您的標(biāo)準(zhǔn)。

如果您想在修剪序列的任一端或兩端恢復(fù)一定數(shù)量的堿基，因?yàn)槟男藜暨^(guò)于嚴(yán)格，或者您想提高覆蓋率， Batch Revert Trim Ends 可以讓您做到這一點(diǎn)。只需單擊幾下，您就可以將堿基恢復(fù)到只有幾個(gè)或幾千個(gè)序列，并更好地控制您的序列修剪。

軟件新功能


2016年8月正式發(fā)布Sequencher 5.4.5，Sequencher 5.4.5擴(kuò)大了大型基因組功能。用BWA-MEM和GSNAP插件的BAM文件取代了SAM文件輸出。這個(gè)小改變有很大影響NGS序列分析的幾個(gè)方面。首先這大大降低了NGS的存儲(chǔ)需求分析。其他NGS工具也將受益于使用BAM文件。BAM文件加載在NGS查看器的程序,如平板電腦會(huì)快得多。

以下為英文介紹
News：
Sequencher 5.4.5 is Available Now!
New features for Sanger and Next-Generation DNA Sequence Analysis include:

Sanger:
?New Batch Revert Trim Ends command.
?Ability to adjust the font size in the Project Window.
?For hybrid sequencing projects, you can create NGS reference databases/indexes directly from the consensus sequences in the Project Window in addition to linking to an external sequence.

NGS:
?GSNAP and BWA-MEM workflows now produce BAM files.
?Enhancements to the External Data Browser (EDB).
?FastQC Reports now open automatically.




北京友萬(wàn)信息科技有限公司，英文全稱：Beijing Uone Info&Tech Co.,Ltd ( Uone-Tech )是中國(guó)大陸領(lǐng)先的教育和科學(xué)軟件分銷商，已在中國(guó)300多所高校建立了可靠的分銷渠道。擁有最成功的教學(xué)資源和數(shù)據(jù)管理專家。如需申請(qǐng)軟件采購(gòu)及老版本更新升級(jí)請(qǐng)聯(lián)系我們，咨詢熱線：010-56548231 ,咨詢郵箱：info@uone-tech.cn 感謝您的支持與關(guān)注。